性质不同：
特定减免税货物：是实际进口货物：针对三个特定，在符合条件的情况下给予的税收优惠措施；
保税货物：针对进境又复运出境的特点简化了海关税、证手续的一种制度。

前期准备不同：
特定减免税货物：申领减免税证明；
保税货物：向海关备案，由海关核发加工贸易登记手册。

监管不同：
特定减免税货物：监管期满解除监管（时效）；
保税货物：根据去向不同分别办理相应的手续。